Program pendidikan jenjang Magister Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya pertama kali berdiri dengan membuka program studi Magister Manajemen dengan konsentrasi Manajemen Stratejik (Strategic Management) melalui SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi pada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No. 196/DIKTI/Kep/1999, tanggal 30 April 1999. Memasuki tahun 2004, Program Studi Magister Manajemen melakukan peninjauan dan pengembangan kurikulum baru dengan membuka konsentrasi baru yaitu Manajemen Keuangan (Financial Management). Konsentrasi ini dibuka untuk menjawab tantangan global yang menuntut keahlian bidang keuangan dalam mengelola risiko, struktur permodalan yang tepat, upaya lindung nilai (hedging) terhadap asset capital yang bergerak dinamis melintasi batas-batas negara. Pada tanggal 3 Juni 2011, program studi Magister Manajemen telah terakreditasi oleh BAN-PT No: 001/BAN-PT/Ak-IX/S2/VI/2011.
Dalam upaya menjawab kebutuhan yang semakin meningkat akan tenaga pengajar bahasa Inggris yang kompeten, Program Pascasarjana membuka program studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris melalui SK Direktur Jenderal PendidikanTinggi Departemen Pendidikan Nasional No. 385/Dikti/Kep/2000, tanggal 7 November 2000. Kemudian pada tanggal 18 Agustus 2011, program studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris telah terakreditasi oleh BAN-PT No: 012/BAN-PT/Ak-IX/S2/VIII/2011.
Dengan banyaknya lulusan dan permintaan dari lulusan untuk pendidikan yang lebih tinggi, Program Pascasarjana Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya mendirikan S3 Ilmu Manajemen. Program Doktor Ilmu Manajemen memulai perkuliahan angkatan pertama pada tanggal 6 Juli 2009. Kemudian, pada tanggal 4 Januari 2013, Program studi Doktor Ilmu Manajemen telah terakreditasi oleh BAN-PT No: 007/SK/BAN-PT/Ak-X/D/I/2013.
Pada tahun 2017, Sekolah Pascasarjana meresmikan Program Studi Magister Akuntansi dengan SK Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 210/KPT/I/2017. Saat ini Program Studi Magister Akuntansi bersama dengan program studi yang lain telah berlangsung sesuai dengan yang direncanakan menurut rencana pengembangan Sekolah Pascasarjana, di masa yang akan datang akan diusulkan program studi magister sesuai dengan kemampuan sumber daya yang ada.