Studi di PS-MTK UKWMS dapat diselesaikan dalam waktu 4 semester dimana perkuliahan akan dilaksanakan selama 2 semester sedangkan penelitian dengan topik sesuai dengan bidang minat dapat dilaksanakan selama 2 – 4 semester. Selain itu, dalam peningkatan wawasan keilmuan, pengalaman lapangan dan ketrampilan, mahasiswa PS-MTK diwajibkan untuk menghadiri seminar grup maupun seminar nasional, publikasi ilmiah serta kunjungan studi.
Terdapat dua jalur pada Program Studi Magister Teknik Kimia, yaitu:
1. Jalur Reguler/by course (dengan dua bidang minat. (1) Teknologi Material Maju dan (2) Teknologi Bioenergi)
Mahasiswa pada jalur ini mengikuti kelas mata kuliah wajib dan pilihan, masing-masing sebesar 16 SKS dan 12 SKS (total 28 SKS). Tesis (riset penelitian) memiliki kredit sebesar 8 SKS. Syarat kelulusan pada jalur ini adlah mahasiswa menyelesaikan penelitian dan mempublikasikannya melalui kegiatan seminar internasional terindeks Scopus dan/atau submit pada jurnal internasional bereputasi.
2. Jalur Riset/by-research
Mahasiswa pada jalur ini mengikuti kelas mata kuliah wajib sebesar 4 SKS dan riset (mulai proposal hingga laporan akhir/tesis) sebesar 32 SKS. Syarat kelulusan pada jalur ini adalah mahasiswa menyelesaikan penelitian dan telah mempublikasikannya pada jurnal internasional bereputasi.
Kerja sama dengan Program Studi Teknik Kimia (S1) juga telah dilaksanakan melalui program BUNDLING, di mana mahasiswa dapat berkuliah selama 3,5 tahun di Program Sarjana dan langsung melanjurkan Program Magister selama 1,5 tahun.